Клуб был основан в 1914 году итальянцами, поэтому до 1942 года команда называлась «Палестра Италия», но сменила название, так как Италия противостояла во Второй мировой войне союзникам и самой Бразилии (Бразилия была единственной латиноамериканской страной, участвовавшей в этой войне). Название было взято похожее на то, какое было у не существовавшего к тому моменту «АА дас Палмейрас». Последний объединился в 1929 году с «Паулистано» (один из лучших клубов Бразилии в любительскую эпоху, за который выступал Артур Фриденрайх) и образовал Футбольный Клуб Сан-Паулу.

По сумме выигранных всех общебразильских соревнований (Чемпионат Бразилии + Кубок Робертао, старый и новый Кубок Бразилии) «Палмейрас» занимает первое место в Бразилии.

На международной арене наибольших достижений команда добилась в конце 1990-х годов под руководством тренера Луиса Фелипе Сколари, выиграв Кубок Меркосул и Кубок Либертадорес в 1998 и 1999 годах соответственно и дойдя до финала последнего турнира в 2000 году.

Стадион «Парке Антарктика» (ныне «Палестра Италия») в 1921 году

30 марта 2007 года ФИФА официально признала турнир Кубок Рио 1951 первым клубным чемпионатом мира по футболу. Этот турнир выиграл «Палмейрас», в финале обыграв итальянский «Ювентус» по результатам двух матчей. В декабре 2007 года ФИФА изменила своё решение, объявив, что, по её мнению, Кубок Рио 1951 был прототипом Клубного чемпионата мира, но этот турнир не следует приравнивать к КЧМ в плане статистики и т. д.