Первой «золотой эрой» клуба считается конец 1980-х — первая половина 1990-х годов, когда «Сан-Паулу» выиграл 3 чемпионата Бразилии, 2 Кубка Либертадорес, 2 Межконтинентальных кубка, 1 Суперкубок Либертадорес, 1 Кубок КОНМЕБОЛ, и дал в сборную Бразилии целую плеяду футболистов, ставших в 1994 году чемпионами мира (Кафу, Раи, Леонардо и другие).

На международной арене «Сан-Паулу» добился самых больших достижений среди всех бразильских клубов — единственный бразильский трёхкратный победитель Кубка Либертадорес. Кроме того, каждый раз после победы в Кубке Либертадорес, «Сан-Паулу» обязательно становился и лучшим клубом мира, выиграв в 1992 и 1993 годах Межконтинентальный кубок (обыграв Барселону и Милан) и клубный чемпионат мира в 2005 году (был повержен английский Ливерпуль).

В середине 2000-х годов в «Сан-Паулу» вновь сложился мощнейший коллектив, клуб выиграл Кубок Либертадорес 2005, Клубный чемпионат мира того же года (в финале был обыгран «Ливерпуль» — 1:0), дошёл до финала КЛ в 2006 году, выиграл 4-й чемпионский титул и в 2007 с огромным отрывом выиграл чемпионат Бразилии. Главной звездой в нынешнем поколении является вратарь-бомбардир Рожерио Сени.

После победы в КЧМ-2005 «Сан-Паулу» стал доминировать в чемпионате Бразилии, выигрывая первенства 2006, 2007 и 2008 годов. На данный момент «Сан-Паулу», совместно с «Фламенго», который в 2009 году стал чемпионом Бразилии, возглавляет список клубов, выигрывавших чемпионат страны наибольшее число раз — шесть. Однако, только «Сан-Паулу» удавалось трижды подряд побеждать в чемпионате страны.

В 2008 году поначалу «Сан-Паулу» ушёл в тень других команд — «Фламенго», «Гремио», «Крузейро». Но к самому финишу турнира «трёхцветные» набрали обороты и в последнем туре им достаточно было сыграть вничью, чтобы единственный преследователь — Гремио — не смог сравняться по очкам. «Сан-Паулу» перевыполнил минимальную задачу и, выиграв, стал безоговорочно самым титулованным клубом в истории чемпионатов Бразилии. Однако в конце 2010 года Конфедерация футбола Бразилии приняла решение приравнять к чемпионским титулам старый Кубок Бразилии (1959—1968) и Кубок Робертао (1967—1970); тем самым, «Сантос» (2-кратный чемпион) и «Палмейрас» (4-кратный чемпион) опередили «Сан-Паулу» и «Фламенго» (который также в 2009 году стал 6-кратным чемпионом Бразилии) по титулам. У них стало 8 чемпионств.

Стадион команды, «Морумби», на данный момент вмещает около 100000 зрителей, а по проекту вмещал 150.000. Но это в любом случае мировой рекорд как самый большой стадион, принадлежащий исключительно одному футбольному клубу.

Мини-футбольная команда «Сан-Паулу» принимает участие в высшем дивизионе чемпионата Бразилии.